聯合微國家組織秘書處由秘書長主持，由來自組織內各國公務人員及其他合作Discord伺服器幹部的協助運作。它為聯合微國家組織各項會議的結果提供運作及支持，並根據組織憲章、理事會、議事中心的指示進行工作。

人員架構

秘書長

現任秘書長為霖仙，秘書長是聯合微國家組織的發言人和領導人。根據聯合微國家組織憲章，這一職位是這一組織的「行政首長」。秘書長也是聯合微國家組織管理者和各成員國、觀察國及其他網路組織間爭端及國際問題的調停者兩項職責的結合。

屆次	姓名	國籍	上任或當選日期	卸任日期	備註
1	李綾希	威爾蘭王國	2024年6月9日	2024年11月16日	第一任秘書長
1	成田路(代理)	盧米涅企業共和國	2024年7月26日	2024年11月16日	受時任秘書長指派自2024年7月26日至11月16日間擔任代理秘書長
2	成田路		2024年11月16日	連任	聯合微國家組織第一位經議事中心決議上任的秘書長
3			2025年6月14日	連任
4			2026年2月28日	2026年8月22日
5	霖仙	蒙迪斯總管司	2026年8月22日	現任

聯合微國家組織憲章並為提及副秘書長一職，僅為依組織行政慣例及行政命令產生的職位，職權通常為協助秘書長協助及管理秘書處事務及於秘書長無法執行其職權時代理其職責。

屆次	姓名	國籍	上任日期	卸任日期	備註
1	成田路	盧米涅企業共和國	2024年6月9日	2024年11月16日
2	無派任。

秘書處應確保組織各項會議之順利進行，其義務包含：

會議召集與紀錄： 協助理事會發布會議公告、整理議程及存檔會議紀錄。
平台管理： 維護組織指定之通訊伺服器或群組之運行。
審核權： 秘書處應確保受任人具備中立性與對組織規章之充分理解。
組織資料管理：
- 安全保護： 預防伺服器及會員國受外部惡意破壞（如：伺服器入侵、騷擾行為），並確保成員國外交隱私。
- 數位資產： 官方網域、伺服器權限、社交媒體帳號及雲端空間。
- 智慧財產： 組織徽章、旗幟設計、官方文書範本及出版品。
行政行為：
- 依法行政： 秘書處應作為組織法治之表率，嚴格履行《聯合微國家組織憲章》及各項附屬規章之要求，不得逾越法律授權。
- 追蹤進度： 針對已通過之議案，秘書處應負責實施並定期回報執行狀況。
- 公告發布： 負責將決議案整理為正式公文公告全體成員。